Skip to content

Navodila za programsko opremo VeloxChem

VeloxChem je odprtokodna programska oprema za kvantno kemijo, napisana v Pythonu in so jo razvili za računanje molekularnih lastnosti in različne vrste spektroskopije.

Licenca

Odprtokodna programska oprema - GNU Lesser General Public License version 2.1 (LGPLv2.1)

Namestitev:

Za namestitev VeloxChem smo uporabili module, ki so na voljo na Sling CVMFS.

module load foss/2020b
module load Python/3.8.6-GCCcore-10.2.0
module load CMake/3.18.4-GCCcore-10.2.0
git clone https://gitlab.com/veloxchem/veloxchem.git
cd veloxchem/
python3 -m venv --system-site-packages venv
source venv/bin/activate
python3 -m pip install --upgrade pip setuptools
CC=gcc MPICC=mpicc python3 -m pip install mpi4py --no-binary=mpi4py
python3 -m pip install numpy pybind11 h5py pytest
export OPENBLASROOT=$EBROOTOPENBLAS
python3 setup.py install

Primer naloge SLURM

Ta primer ponazarja posel, ki bo zagnan na 2 vozliščih in 12 jedrih. Posel zahteva 2GB RAM-a na jedro, izvajal se bo 30 minut na particiji cpu. 

#!/bin/bash

#SBATCH --job-name=veloxtest
#SBATCH --time=00:30:00
#SBATCH --partition=cpu
#SBATCH --nodes=2
#SBATCH --ntasks-per-node=1
#SBATCH --cpus-per-task=12

module load foss/2020b
module load Python/3.8.6-GCCcore-10.2.0
module load CMake/3.18.4-GCCcore-10.2.0

source $HOME/veloxchem/venv/bin/activate

export OMP_NUM_THREADS=12

mpirun veloxchem ~/example.inp example.out

Primer pošiljanja z ARC

Najprej potrebujemo datoteko .xrsl, v kateri navedemo, kakšne vire potrebujemo za zagon posla.

&
(count = 12)
(countpernode = 6)
(jobname = vlx-test)
(inputfiles = 
  ("vlx.sh" "")
)
(executable = vlx.sh)
(outputfiles = ("example.out" ""))
(stdout=example.log)
(join=yes)
(gmlog=log)
(memory=2000)
(walltime="30 minutes")

In izvršljiva datoteka:

module load foss/2020b
module load Python/3.8.6-GCCcore-10.2.0
module load CMake/3.18.4-GCCcore-10.2.0

git clone https://gitlab.com/veloxchem/veloxchem.git
cd veloxchem/
python3 -m venv --system-site-packages venv
source venv/bin/activate
python3 -m pip install --upgrade pip setuptools
CC=gcc MPICC=mpicc python3 -m pip install mpi4py --no-binary=mpi4py
python3 -m pip install numpy pybind11 h5py pytest
export OPENBLASROOT=$EBROOTOPENBLAS
python3 setup.py install

export OMP_NUM_THREADS=12

mpirun veloxchem ~/example.inp example.out

Opomba

Moduli, ki smo jih uporabili, so na voljo na gručah Maister, Arnes in Vega. V primeru da pošiljate nalogo na drugo Sling gručo, je potrebno ustrezno prilagoditi nalaganje modulov.

Citiranje VeloxChem v člankih

Navodila za citiranje VeloxChem boste našli na: https://veloxchem.org/citation

Dokumentacija