Quantum Espresso
Quantum Espresso je programski paket, ki temelji na teoriji gostotnega funkcionala (angl. DFT). Uporablja PWcf, PHONONH; CP90, FPMD in Wannier.
Licenca
Quantum Espresso je brezplačen program, izdan z licenco GNU General Public License.
Namestitev:
Quantum Espresso je na voljo na gruči kot modul ali kot vsebnik Singularity. Na Sling CVMFS je na voljo modul QuantumESPRESSO/QuantumESPRESSO-6.7-foss-2019b.
Primer izgradnje vsebnika Singularity za QE
GPU
Katalog NVIDIA NGC ponuja optimiziran vsebnik za Quantum Espresso GPU, ki ga lahko prevedete z ukazom:
singularity build --fakeroot qe-gpu-<tag>.sif docker://nvcr.io/hpc/quantum_espresso:<tag>
singularity build --fakeroot qe-gpu-qe-7.1.sif docker://nvcr.io/hpc/quantum_espresso:qe-7.1
Če na sistemu nimate administratorskih pravic, uporabite za izgradnjo vsebnika stikalo --fakeroot. Če stikalo vam ni omogočeno, pišite na support@sling.si.
SLURM
Primer z uporabo vsebnika Singularity na GPU
Na gruči so že na voljo vsebniki Singularity. Te najdete znotraj mape: /ceph/hpc/software/containers/singularity/images
singularity exec --nv /ceph/hpc/software/containers/singularity/images/qe-6.7-gpu.sif pw.x <arguments>
Primer skripte SBATCH
#!/bin/bash
#SBATCH --nodes=1
#SBATCH --ntasks=4 # Number of MPI processes
#SBATCH --ntasks-per-node=4 # Number of MPI processes
#SBATCH --cpus-per-task=4 # Number of OpenMP thredas
#SBATCH --ntasks-per-core=1
#SBATCH --gres=gpu:4
#SBATCH --partition=gpu
export OMP_NUM_THREADS=$SLURM_CPUS_PER_TASK
srun --mpi=pmix_v3 singularity exec --nv /ceph/hpc/software/containers/singularity/images/qe-6.7-gpu.sif pw.x -inp